Người đứng đầu nhà nước Cộng hòa Bashkortostan là Tổng thống, nhiệm kì 4 năm. Theo Hiến pháp, Tổng thống nước Cộng hòa Bashkortostan có nhiệm vụ bảo đảm quyển lợi và sự tự do của công dân; bảo vệ lợi ích kinh tế, sự ổn định chính trị; thực thi luật pháp và bảo đảm trật tự trong lãnh thổ. Tổng thống hiện nay (tháng 10 năm 2008) là ông Murtaza Rakhimov, người đã chiến thắng trong cuộc tuyển cử hồi tháng 12 năm 1993. Trước đó, ông là người đứng đầu chính quyền Xô-Viết ở đất nước này. Ông Murtaza Rakhimov tái đắc cử chức vụ Tổng thống hồi tháng 12 năm 2003. Cơ quan lập pháp là Nghị viện gồm 120 đại biểu được người dân bầu mỗi 4 năm một lần.